违法变更股东的股权是不是犯罪，要依据具体的情况而定，如果通过诈骗的方式取得股权的，进行变更就会构成犯罪。
《中华人民共和国公司法》
第三十二条　有限责任公司应当置备股东名册，记载下列事项：
(一)股东的姓名或者名称及住所；
(二)股东的出资额；
(三)出资证明书编号。
记载于股东名册的股东，可以依股东名册主张行使股东权利。
公司应当将股东的姓名或者名称向公司登记机关登记；登记事项发生变更的，应当办理变更登记。未经登记或者变更登记的，不得对抗第三人。