宅基地转让协议签订履行后遇到拆迁的，那么法院可以直接以判决动迁款的归属的方式处理双方之间的纠纷，如果购买人是被集体经济组织的，那么动迁款均归购买人所有，如果购买人非本集体经济组织成员或者甚至是城镇户口的，那么在动迁款分配过程中按照原则处理。
《民法典》第三百六十二条【宅基地使用权的定义】宅基地使用权人依法对集体所有的土地享有占有和使用的权利，有权依法利用该土地建造住宅及其附属设施。
《民法典》第三百六十三条【宅基地使用权取得、行使和转让的法律适用】宅基地使用权的取得、行使和转让，适用土地管理的法律和国家有关规定。