股权转让协议管辖权的确定方式是：
1、当事人书面协议选择被告住所地、合同履行地等地点人民法院管辖且不违反法律规定的，该地点人民法院有管辖权；
2、当事人没有书面协议管辖地点的，被告住所地或者合同履行地人民法院有管辖权。