宅基地使用证上手写变更说明无效。变更宅基地使用证需要填写变更土地登记申请书，提供证明材料说明变更依据和变更内容，行政主管部门根据土地变更登记申请的内容项目进行实地调查、审核权属与地籍测量，审核通过更换宅基地证书。